Fondos de arena 

Los fondos de arena son los más abundantes del litoral almeriense. Asentados sobre sustratos limosos suelen estar formados por arenas finas que parten desde la orilla, hasta alcanzar los 20 o 30 metros de profundidad. No presentan comunidades algares, aunque en ocasiones pueden aparecer parcialmente colonizados por praderas de fanerógamas entre las que destaca Cymodocea nodosa. Desde el punto de vista paisajístico son bastante homogéneos y poco relevantes. Sin embargo, presentan comunidades de fauna especializada y poseen un importante interés económico para la pesca litoral. Camuflados bajo la arena aparecen coquinas, chirlas y otros moluscos bivalvos, que suelen formar grandes bancos y ser explotados comercialmente. Las “cañaillas”, muy valoradas por su interés culinario, son uno de los gasterópodos más abundantes, concentrándose en ocasiones por millares en áreas cercanas a la costa.

También aparecen representadas en este hábitat diversas especies de invertebrados, como la gran estrella de arena y otras pertenecientes al género Astropecten entre los equinodermos, crustáceos como el cangrejo de arena y el ermitaño o moluscos como la jibia y el pulpo que depositan sus huevos bajo la arena.

Entre la ictofauna más representativa de estos fondos destacan los peces planos como el lenguado que aparece mimetizado con la arena, o bien oculto bajo la misma, desde donde tan solo asoman sus vigilantes ojos. La araña de mar muestra las espinas ponzoñosas de su aleta dorsal cuando se ve amenazada por un predador; al ser pisada o tocada accidentalmente por algún bañista clavan los aguijones de la primera aleta dorsal y/o de los opérculos; tras la lesión, los primeros síntomas son un fuerte dolor que se irradia también a otras zonas, inflamación y, en ocasiones, necrosis de la zona afectada; en cualquier caso, se debe acudir a un centro médico lo más pronto posible (ver anexo de primeros auxilios). Otros peces frecuentes en la zona son el tordo, el salmonete, la herrera o los torpedos o tembladeras que capturan a sus presas ayudándose de las descargas eléctricas que producen. 

Praderas de Posidonia oceanica

Uno de los fondos más singulares del litoral almeriense es el constituido por las praderas de Posidonia oceanica, las más extensas del litoral andaluz. Esta fanerógama marina no es un alga, sino un vegetal superior que posee rizomas, hojas que pueden llegan a medir más de un metro, flores y un sistema radicular como si de una planta terrestre se tratara. 

Estas praderas submarinas, denominadas popularmente algueros, han sido diezmadas durante las últimas décadas, principalmente por la pesca de arrastre, aunque aún ocupan extensas áreas sobre sustratos arenosos y a veces también sobre roca. Para su normal desarrollo necesitan abundante luz solar por lo que se hallan en aguas superficiales, escaseando a partir de los 20 metros de profundidad. 

Desde el punto de vista ecológico poseen un extraordinario valor, actuando sobre el medio que los rodea de diferentes formas. Por un lado, contribuyen positivamente a la oxigenación del agua marina e incluso a su limpieza, atrapando a las partículas sedimentarias que quedan en suspensión. Por otro, sus rizomas favorecen la fijación de los sustratos arenosos sobre los que se asientan, lo que unido a su capacidad de amortiguar el oleaje, incide en la disminución de los procesos erosivos de las zonas litorales. 

Otra de las características de esta comunidad endémica del Mediterráneo es su capacidad para albergar a una rica y variada fauna y flora, alcanzando unos índices de biodiversidad muy elevados. Entre las algas macroscópicas presentes en este hábitat destacan las verdes como la lechuga de mar, las pardas y las rojas; estas últimas de aspecto coralino como consecuencia de su elevado contenido en calcio. Al amparo de estas praderas viven y se refugian multitud de crustáceos, moluscos como los cefalópodos o las bellas liebres de mar, equinodermos como la estrella roja o la holoturia y gusanos marinos. Entre los invertebrados más representativos se encuentra la nacra, un bivalvo que vive al amparo de los rizomas de estas plantas y que llega a alcanzar hasta un metro de longitud; su recolección indiscriminada ha producido un alarmante descenso en sus poblaciones.

Los peces aparecen ampliamente representados en este hábitat, siendo utilizado por muchas especies, no solo como área de alimento y refugio, sino como zonas de puesta de huevos y de crecimiento de sus alevines. Algunas especies como la lubina, el mújol, la salema o el tordo son bastante representativas. Sorprende la presencia de los caballitos de mar, que se sujetan con su cola a las hojas de Posidonia oceanica. 

Otros peces que frecuentan estas praderas son los pertenecientes a la familia de los espáridos; de carácter gregario se alimentan, tanto de algas, como de moluscos y de otros peces más pequeños. Por lo general presentan un cuerpo oval, aplanado por ambos lados y de color plateado con diferentes manchas según la especie.

A esta familia pertenecen doradas, pargos, herreras, besugos, sargos, obladas, brecas, etc., todos ellos muy apreciados en el ámbito culinario.  

Entre dos aguas 

Además de las anteriores existen multitud de especies que viven entre dos aguas, sobre todo de zooplancton y fitoplancton, que constituyen la base de la cadena alimenticia de los mares, así como de medusas. Aunque de carácter principalmente pelágico hay que destacar las concentraciones de gran número de túnidos como melvas, bonitos y atunes, que se producen en algunas épocas del año, coincidiendo con sus desplazamientos migratorios y que han sido tradicionalmente capturados mediante artes como la moruna o la almadraba, constituyendo aún un importante recurso para la pesca almeriense. Mención especial merece el pez luna, otra especie migratoria del que se cree que freza en el Mar de los Sargazos; de cuerpo plano y con forma de disco, llega a alcanzar los 3 metros de diámetro.  

Entre los reptiles marinos destaca la tortuga boba cuya población y colonias de reproducción mediterráneas están en franco retroceso; esta especie amenazada de extinción y protegida legalmente es víctima indirecta de redes de deriva, palangres y otros tipos de artes pesqueros, al igual que la tortuga laúd de escasa presencia en el litoral almeriense.

Estos quelonios mueren a menudo por obstrucciones intestinales producidas por la ingestión de grandes cantidades de bolsas de plástico, a las que confunden con las medusas que componen su dienta. 

Dentro de los mamíferos, no son raros los varamientos de calderones y otros zifios o del delfín listado que quedan atrapados en las redes antes referidas; esta última especie se encuentra amenazada por una epidemia vírica que ha diezmado a su población mediterránea desde el comienzo de la década de los noventa.

Por último, no se puede obviar el alto interés científico y conservacionista que supondría la reintroducción de la foca monje en Almería; la situación crítica por la que pasa la población mundial de esta especie, las referencias de la misma en el Cabo de Gata, así como el actual estatus de protección de este espacio, podrían garantizar el éxito de un programa de reintroducción en semicautividad de este pinnípedo en algunos puntos del Parque Natural como el área de dunas fósiles oolíticas del Playazo de Rodalquilar, donde existen referencias de su presencia hasta el principio de los años sesenta.